Dentro de um clã ninja existia, como em qualquer sociedade bélica, uma hierarquia rígida. Para os homens do clã, que seriam considerados o ‘exército principal’, esta hierarquia consistia de três níveis, para os ninja formados, como veremos abaixo.

Genin

 下　Ge  – Baixo, para baixo

忍　Nin  – Perseverança, Resistência

Genin significa “Shinobi Baixo”, e indica um ninja de menor patente. Dentro de um clã ninja, os Genin eram considerados “agentes”, estavam acima do posto de um soldado comum e agiam em esquadrões usualmente compostos por dois Genin e um Chuunin que os liderava. Esta era uma fase crítica para um ninja, pois era a sua chance de se provar para o clã. Muitos ninja morriam neste estágio.

Chuunin

 中　Chuu  – Meio, no meio

忍　Nin  – Perseverança, Resistência

Chuunin significa “Shinobi Intermediário”. Indica um ninja de patente média, capacitado para liderar um esquadrão ou participar de missões mais perigosas. Além disso, era de responsabilidade do chuunin planejar as missões e fazer todos os contatos com o jonin. Os chuunin também ajudavam no treinamento e seleção dos genin.

Jonin

 上　Jo  – Alto, para cima

忍　Nin  – Perseverança, Resistência

Jonin significa “Shinobi Alto”, um ninja de alta patente responsável por um clã. Muitas vezes, ninguém sabia quem era o jonin de um clã, exceto por alguns chuunins em específico. Era de sua alçada selecionar missões e chuunins para comprí-las. De certa forma, pode-se dizer que o jonin era como um general entre os ninja, o chuunin um capitão e os genin tenentes.

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